Laboratórios
LABORATÓRIOS DE PESQUISA ASSOCIADOS AO PPG
Os projetos dos discentes são desenvolvidos principalmente nos seguintes laboratórios de pesquisa:
Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese – LETS (ICB 5). Inclui área aproximada de 55 m2 e possui cerca de 6 computadores de bancada, 3 estações de trabalho (workstations; veja item Recurso de Informática abaixo), 1 multifuncional (impressora e digitalizadora) e 1 lupa Leica de grande aumento (modelo MZ12.5). Em 2015 foram construídos 16 espaços de trabalho e 2 bancadas planejadas para todos alunos, podendo abrigar simultaneamente cerca de 24 pessoas. Inclui armário com vários livros dos docentes vinculados ao laboratório. Coordenadores: José Alexandre, Luis Mauricio Bini, Thiago Rangel e Adriano Melo;
Laboratório de Herpetologia e Comportamento Animal (ICB 5). O laboratório possui aproximadamente 39 m2, com três computadores ligados à internet, impressoras, equipamentos de gravação sonora de anfíbios (gravadores TASCAM DAP1, Marantz PMD 222 e SONY TCD-D100), gravadores portáteis, microfones direcionais (Sennheiser ME66 e Sony ECM), balanças digitais, GPS Garmin, paquímetros (digital e manual), decibilímetros, vidraria e reagentes de fixação e conservação de anuros e répteis, termohigrômetros, equipamento de campo (lanternas, pilhas, pinças e etiquetas). Além disso, estão disponíveis aos alunos, alguns periódicos específicos (Amphibia-Reptilia, Copeia, Journal of Herpetology, Herpetologica, Herpetological Review, Herpetological Monographs, Revista Brasileira de Zoologia e Applied Herpetology). Coordenadores: Rogério P. Bastos e Natan M. Maciel.
Laboratório Teoria, metacomunidades e ecologia de paisagens (ICB 5). Apresenta uma área de aproximadamente 55 m2. Nesse laboratório são desenvolvidas análises de ecologia de paisagens baseadas em sensoriamento remoto a partir de imagens de satélite análises estatísticas relacionadas e modelos teóricos multi-escalas além de servir de base para estudos de campo em uma grande variedade de organismos. Há uma parte das atividades relacionada ao funcionamento de ecossistemas aquáticos incluindo estudos de campo com insetos aquáticos, adultos de Odonata, zooplâncton, fitoplâncton, macrófitas e algas, tanto de ambientes lóticos como lênticos. Da mesma forma, os estudos de campo relacionados a esse laboratório também incluem estudos em sistemas terrestres focados em comunidades de Aves, Anfíbios, Abelhas. A infra-estrutura para esses trabalhos inclui três microcomputadores e cinco laptops conectados à internet e duas impressoras, cinco lupas estereoscópicas, mesas e armários para colecionamento de fauna de insetos. Além disso, acaba de ser implantada uma cluster de computadores destinada ao processamento de alta performance voltado para a modelagem matemática. Esse equipamento também servirá de suporte para aulas relacionadas à ecologia quantitativa na pós-graduação. Nesse laboratório há uma intensa integração entre alunos orientados por diferentes orientadores e nele está instalado um grupo de alunos que presta um serviço de auxílio em estatística em trabalhos de graduação e dentro do programa. Coordenador: Paulo De Marco Júnior.
Laboratório de Biogeografia da Conservação – CB-Lab (ICB 5). O laboratório dispõe de infraestrutura suficiente para o desenvolvimento de trabalhos de pesquisa na área de mudanças globais, modelagem de nicho ecológico, planejamento para a conservação e modelagem de serviços ecossistêmicos. O laboratório conta com vários computadores, 1 impressora laser, quatro workstations, três armários e 5 mesas. O laboratório conta com 55 m2 e é dividido com o Laboratório de Ecologia Aplicada e Conservação. Coordenador: Rafael Loyola.
O Laboratório de Ecologia Aplicada e Conservação (ICB 5). Abriga vários computadores, 1 impressora laser, 1 workstation (MacPro) dois armários e várias mesas. O laboratório é usado apenas para trabalhos em computador. O laboratório conta com 55 m2 e é dividido com o Laboratório de Biogeografia da Conservação. Coordenador: Daniel Brito.
Laboratório de Ecologia e Funcionamento de Comunidades (ICB 5). Inclui, numa área de aproximadamente 55 m2, equipamentos de informática, sendo 4 computadores de mesa, 1 workstation MacPro, 1 impressora e 1 digitalizador, duas estufas de secagem, duas balanças analíticas, três dinamômetros digitais, dois podões e material para escalada em árvores. Coordenadores: Marcus Vinícius Cianciaruso e Fausto Nomura.
Laboratório de Interações Ecológicas e Biodiversidade – LIEB (ICB 1). O laboratório possui em uma área de 30m2, 2 bancadas de trabalho, 1 pia, 1 geladeira, 2 mesas, 2 PCs, 3 notebooks, 1 impressora laser, 5 armários de aço, 1 microscópio estereoscópio Nikon modelo SMZ1500, 3 lupas. Coordenador: Mário Almeida Neto.
Laboratório de Genética e Biodiversidade (ICB 1). O laboratório atualmente dispõe de infraestrutura suficiente para o desenvolvimento de trabalhos de pesquisa que incluam técnicas de análise de marcadores moleculares (SSRs) e de sequenciamento de DNA. Os equipamentos disponíveis incluem cubas para eletroforese horizontal e vertical, fotodocumentador para digitalização de imagens, oito termocicladores, três centrífugas, um pHmetro, uma capela, duas balanças analíticas de precisão, dois agitadores de tubos, uma manta aquecedora, uma incubadora com agitação, duas estufas e duas autoclaves. O laboratório está localizado junto ao Departamento de Biologia Geral, mas no mesmo prédio (ICB1) ocupado pelo Dep. Ecologia. Coordenadora: Mariana Telles, Thannya Nasciamento e Rosane G. Collevatti.
Laboratório de Microscopia (ICB 5). Este laboratório possui aproximadamente 66 m2 e possui infra-estrutura e equipamentos necessários para realização de identificação e contagem de organismos microscópicos ou de animais de pequeno porte, cuja identificação é feita somente com a utilização de algum equipamento óptico. O laboratório conta com 02 microscópios ópticos com contraste de fases, 1 microscópio de luz comum, 11 estereomicroscópios e 01 estereomicroscópio com câmara clara para ilustrações científicas. Embora conte com dois professores em sua coordenação, ele é multiusuário e abriga alunos de diversos docentes do PPG. Coordenadores: Rodrigo Damasco Daud e Fausto Nomura.
Laboratório de Macroecologia (Regional Jataí). Possui uma área de 25 m2, e dispõe de equipamentos para análises de dados macroecológicos, incluindo: três estações de trabalho (workstations) para rodagens de modelos ecológicos, dois computadores desktop para utilização por parte dos alunos de graduação e pós-graduação e uma impressora laser. Coordenadores: Levi Carina Terribile e Matheus de Souza Lima-Ribeiro.
Laboratório de Ecologia e Zoologia (Regional Jataí). Quatro docentes do Programa estão alocados na Regional de Jatai, no qual existem condições de pesquisa básica, tais como microcomputadores, lupas e equipamento para coleta de material biológico, suficientes para desenvolvimento de trabalhos em zoologia de vertebrados e invertebrados (4 notebooks, 4 desktops, 3 câmeras digitais Sony DSCHX200, 2 GPS Garmin 60csx, 20 armadilhas fotográficas marca Tigrinus, uma lupa, 8 armários de aço, 160 armadilhas de gancho, 120 armadilhas sherman, 2 range-finders Bushnell 7x50mm, 4 binóculos Nikon Monarch 10x25mm, 4 rádios walk-talk Motorola de curto alcance, redes de neblina, lanternas de cabeça, balança eletrônica, máquina fotográfica Canon EOS 500, Flash Eletrônico EX 380 Canon). Coordenadores: Levi Carina Terribile.
FACILITIES E RECURSOS DE INFORMÁTICA
Em 2010 o Prof. Thiago Rangel, com auxílio de outros docentes, montou no Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese uma cluster de computadores, utilizando recursos de diferentes projetos (Pro-Equipamentos da CAPES, 2 Universais do CNPq, CT-INFRA da FINEP e Rede Clima do MCTIC) (atualmente situada no piso térreo do novo prédio do ICB 5). Essa cluster tem atendido demandas de processamento de alto desempenho de computação científica de pesquisadores do PPG e de diversas instituições associadas. Dentre essas instituições, além da UFG, a cluster tem processado análises de pesquisadores das seguintes universidades: UFS, UFSM, UFRJ, UEG e UFRGS, principalmente agora no contexto do INCT EECBio (o que mostra a centralidade do PPG em Ecologia e Evolução nessas linhas envolvendo computação de alto desempenho). Essas análises tem sido processadas por diferentes serviços disponibilizados pela cluster como o portal para desenvolvimento de scripts em linguagem R usando RStudio (disponível em: cluster.eco.br), o acesso do ambiente UNIX via protocolos SSH e sFTP (para uso de programas específicos desenvolvidos para sistemas Linux) e o acesso ao ambiente “Windows via Remote Desktop Connection” (para uso de programas específicos desenvolvidos para sistemas Windows). Desde meados de 2017, a manutenção da cluster é realizada por bolsistas DTI do EECBio. Atualmente, 4 docentes, 21 discentes e 5 pós-doutorandos do PPG em Ecologia e Evolução são cadastrados como usuários da cluster.
Em 2018, houve uma expansão dos recursos computacionais da cluster, para 8 núcleos com 100 nós. Foi implementado um sistema de “counteiners”, que funcionam como máquinas virtuais mais leves. Esse tipo de sistema permite uma rápida reprodução e implantação dos softwares atualmente utilizados pelos usuários, além de facilitar a incorporação de novas máquinas ao sistema. Também foi realizada uma integração da infraestrutura computacional da cluster do LETS com a do Centro de Recursos Computacionais (CERCOMP), que permitiu o uso de mais dois nós computacionais. Eles possuem 80 núcleos em 2 nós de processamento, com mais de 70 Gb de memória RAM cada. Esses nós foram padronizados segundo as configurações das máquinas com sistema Linux já disponíveis na cluster do LETS tendo, portanto, os serviços de RStudio e acesso via SSH/sFTP. A instalação desses novos recursos tem permitido melhor atender a demandas de processamento paralelo, bem como, a demandas de novos usuários da cluster, com um total de 10 nós e 180 núcleos de processamento. Além disso, foi instalado um storage com oito HDs de 10 Tb cada que tem aumentado a capacidade de armazenamento da cluster.
Em 2019-2020, espera-se investir cerca de R$ 500.000,00 e adquiridos, entre outros equipamentos, um computador de alto desempenho para armazenamento (NAS) e cerca de 20 novas workstations. Também está previsto montagem de uma cluster menor para dois professores do PPG alocados no campus/regional Jatai da UFG, no laboratório dos Profs. Levi Carina e Matheus Lima Ribeiro.